Sobre las 04:00 de la madrugada, Benoit Treluyer salió de boxes después de cambiar parte de la carrocería de su Pescarolo Peugeot #17, perdió el control del coche en las eses de la Chapelle e impactó brutalmente con la barrera de protección. El accidente provocó la salida inmediata del Safety Car, que permaneció en pista durante 45 minutos.
La bajada de ritmo provocó entonces problemas de sobrecalentamiento en el Audi R15 TDI #1 de Dindo Capello. Los mecánicos de Audi consiguieron cambiar el turbo en un tiempo récord, pero Capello perdió la posición respecto al Peugeot 908 HDi #8 de Sarrazin y el Lola Aston Martin #007 de Stefan Mücke se había acercado a cuatro vueltas de distancia. En Peugeot empezaban a tocar la victoria con las dos manos.
El Safety Car realizó dos apariciones más después de mitad de carrera que supondrían el último intercambio importante de posiciones en las posiciones de cabeza. El Peugeot 908 HDi FAP #7 se vio obligado a entrar en boxes en tres ocasiones con una variedad de problemas mecánicos. Con el Pescarolo Peugeot ya fuera de combate, el tercer coche de la firma del león llegaba a hundirse más allá de la 50ª posición general aunque acabaría remontando espectacularmente hasta colocarse sexto al final de las 24 Horas. Al amanecer, los dos Peugeot 908 HDi FAP #9 y #7 lideraban la carrera por delante del primero de los Audi R15 TDI, a una vuelta de distancia. El Lola Aston Martin #007 rodaba sólido en cuarta posición cuando el Oreca 01 AIM #10 tuvo que retirarse a causa de una salida de pista de Ortelli. Lo dramático de la situación fue que el equipo no disponía de recambios y no tuvo otra opción que retirar el coche de la carrera. Mientras tanto, el Oreca 01 AIM #11 de Panis, Lapierre y Ayari se afianzaba en la quinta posición que ya no abandonaría hasta el final. El Safety Car volvió a aparecer fugazmente antes de las 10:00 después del brutal accidente del Lola Aston Martin #009 de Harold Primat en las curvas Porsche cuando rodaba 29º en la clasificación general. El accidente posiblemente se produjo a causa del agotamiento del piloto después de la exclusión de su compañero Stuart Hall a las cinco horas y media de carrera tras barrer literalmente un Radical de la LMP2 de la pista. A partir de mediodía, las órdenes que llegaban del pit wall eran mantener las posiciones. Peugeot se acercaba a su largamente ansiada victoria. Al final, el trio de veteranos, los tres con experiencia en la Fórmula 1, se llevó la victoria. Marc Gené, actual probador de Ferrari, en su tercera participación en Le Mans, David Brabham, hijo del gran Jack Brabham en su 16ª participación en las 24 Horas, y Alex Wurz, ganador de la carrera en su debut en 1996 con un TWR Porsche Joest.