Las variantes Ecomotive incorporan el nuevo motor 1.6 TDI CR (common-rail) que está sustituyendo paulatinamente en el Grupo Volkswagen al 1.9 TDI de bomba-inyector. Entrega 105 CV y está equipado, por primera vez en SEAT, con el sistema Auto Start/Stop de serie.
Este dispositivo detiene el motor cuando el coche se para, por ejemplo, en un semáforo o en un atasco, lo cual supone una gran ventaja especialmente en tráfico urbano.El Altea Ecomotive está disponible en los concesionarios de la marca por 19.150 € para el acabado Reference y por 20.650 €, mientras que el Altea XL Ecomotive se puede solicitar por 1.000 € más en ambos niveles de equipamiento.